GMSでは差分計算のパラメータを複数のHDF5ファイルを用いて管理しています。これらのファイルを管理するファイルがプロジェクトファイルです。通常は".gms"という拡張子のついたファイル名がついており、FDMakeではプロジェクトファイルを開くことで、一度に全ての関連するパラメータファイルを開くことができます。プロジェクトファイルとパラメータファイルは全て同じディレクトリに格納されている必要があります。
同時に複数のプロジェクトを開くことはできません。
プロジェクトファイルは実際にはHDF5ファイルのファイル名が記されているだけのテキストファイルです。